Jabatan Mikrobiologi Perubatan ditubuhkan pada 1 Jun 2006 untuk menjalankan aktiviti pengajaran dan penyelidikan dalam bidang mikrobiologi dan parasitologi perubatan untuk pelajar perubatan dan sains kesihatan. Misi jabatan ini adalah untuk memberi pengetahuan dan kefahaman kepada pelajar perubatan dan sains kesihatan dalam bidang kepakarannya. Jabatan ini menyahut misi pengajaran universiti dengan mendidik pelajar-pelajar sarjana muda dan sarjana dalam bidang bakteriologi, virologi, mikologi, parasitologi, entomologi dan juga interaksi perumah-patogen. Selain juga terlibat dalam banyak penyelidikan saintifik selaras dengan status universiti sebagai salah satu universiti penyelidikan utama di Malaysia.